Как "так"? С помошью набора уравнений для частиц? Вопрос в детализации. Молекулы - это вполне реальные объекты. Можете для них решать уравнения (оставим в покое вопрос затраченного времени), а электрон (и пуще того кварки и т.п.) - это модель: вы не можете померять одновременно скорость и положение квантовой частицы (см. принцип Гейзенберга), поэтому его можно описывать только статистически.