Совсем недавно читал статью на эту тему.
Дырки в цепочке ДНК, безусловно, появляются со временем. Анализ носит вероятностный характер, и его проводят с заранее заданным параметром -- порогом достоверноти, при достижении которого гипотеза принимается достоверной. Дырки, которые появились за 4600 лет, не столь существено повлияли на достижение этого порога. И гипотезу приняли достоверной с этим порогом (например, 90%). Просто этот порог они не упомянули.